Фамилия Шалынин образована по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе на -а или -я добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Шалынин, то есть сын или потомок Шалыни). В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шалыня.

Что такое «шалыня»? Самый прямой путь — к глаголу «шалить». В северных и сибирских говорах «шалыня» — озорник, проказник, баловник. Человек мог получить такое прозвище за живой, непоседливый нрав, за привычку дурачиться. Но есть и вторая, менее очевидная версия. В диалектах «шаль» означает не только озорство, но и дурман, обморок, а «шалеть» — терять рассудок. В этом случае «шалыня» — человек с причудами, странный, возможно, склонный к внезапным вспышкам гнева или сумасбродству. Оба значения, и игривое, и пугающее, укладываются в логику древнерусских прозвищ: их давали по яркой, бросающейся в глаза черте характера.

Фамилия Шалынин — сравнительно редкая. Её география тяготеет к Поволжью и Уралу, что типично для фамилий, образованных от диалектных основ. Встречается она и в центральных областях, но значительно реже. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни носители произносят Шалы́нин, другие — Ша́лынин. Второй вариант, с ударением на первый слог, архаичнее и ближе к исходному прозвищу.

Среди однокоренных фамилий — Шалин, Шалый, Шалунов. Шалин — самая частая, образована напрямую от «шаль» или «шала» (озорник). Шалынин отличается суффиксом -ын-, который может указывать на более старую, диалектную форму прозвища. Сословной принадлежности у фамилии нет: Шалынины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и служилыми. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не значится, что только подтверждает её народное, «прозвищное» происхождение.