Фамилия Шалынина — женская форма, а её мужской вариант, Шалынин, образован с помощью типичного русского суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шалынин буквально значит «сын Шалыни» или «человек из рода Шалыни». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Шалыня.

Корень «шал» в русских говорах имеет несколько значений, и это как раз тот случай, когда стоит разобрать две основные версии. Первая и самая вероятная: «шала» или «шаль» в диалектах означала «шалость, баловство, озорство». Шалый человек — это бесшабашный, порывистый, даже сумасбродный. Тогда Шалыня — прозвище озорника или непоседы. Вторая версия связывает основу с глаголом «шалить» в более старом значении «дурить, проказничать», что по сути близко к первой.

Менее распространённое, но возможное объяснение — от названия ремесла или предмета. В некоторых регионах «шала» могла означать «лачуга, шалаш», но для прозвища это менее характерно. Также есть редкое слово «шала» — «глупый, пустой человек» (в рязанских и тамбовских говорах), что снова возвращает нас к характеристике поведения.

Фамилия Шалынин не относится к числу дворянских или распространённых в высших сословиях. Скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди из центральной России или Поволжья, где диалектные формы «шалый» и «шала» были особенно употребительны. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я.

Таким образом, предок современных Шалыниных был, по всей видимости, человеком с живым и неспокойным нравом, за что и получил своё прозвище. Фамилия эта — прямая и незамысловатая характеристика, каких много в русском ономастиконе.