Фамилия Шалохина — это женская форма, мужской вариант — Шалохин. Основа у них одна, и ключ к её значению лежит в редком суффиксе -ох-. В русской антропонимии этот суффикс характерен для прозвищ, образованных от глаголов со значением действия или состояния: «шалить» (проказничать, баловаться) или диалектного «шалать» (бездельничать, слоняться без дела). Таким образом, прозвище Шалоха получил человек, склонный к шалостям, либо, в более широком смысле, тот, кого в деревне называли «шалапутным» — непоседливым, озорным.

Суффикс -ох- в русских фамилиях встречается нечасто. Можно вспомнить однокоренные Шалохов или Шалыхин, но Шалохин стоит особняком. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России — Курской, Воронежской, Ростовской областям. Встречается и на Украине, что неудивительно: украинский язык знает слово «шала» в значении «шутка, проказа», а суффикс -ох- там даже продуктивнее (ср. Плохин, Сухотин).

Словообразовательная модель проста: прозвище Шалоха (человек с яркой чертой характера) + патронимический суффикс -ин (чей? — сын Шалохи). В документах XVI–XVII веков такие прозвища фиксировались как неканонические имена: например, в актах встречаются Шалоха, Шалуха. Это не значит, что предок обязательно был хулиганом — скорее, так называли энергичного, подвижного человека, которого «черти носили».

В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» суффикс -ох- упоминается как один из показателей прозвищной основы, но Шалохин в нём не разбирается отдельно. Однако по аналогии с фамилией Шелохин (от «шелоха» — растрёпанный человек) можно предположить, что Шалохин — типичный пример прозвища, закрепившегося в роду без переосмысления в крестильное имя.

Встречаются варианты написания с одной «х» — Шалокин, но это, скорее всего, описка или влияние местного говора. Единой дворянской ветви Шалохиных нет — фамилия почти наверняка крестьянская или однодворческая, что подтверждается её распространённостью в сёлах Черноземья. Носительница фамилии Шалохина может с уверенностью сказать, что её предок был человеком с характером — не злым, но живым и непоседливым, за что и получил своё прозвище.