Фамилия Шаншина — женская форма фамилии Шаншин, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант, который образован по древней и в высшей степени редкой модели. В русской ономастике фамилии на -ин обычно возникают от основ на -а/-я (Иван — Иванов, но Иваниха — Иванин). Однако Шаншин явно происходит не от женского прозвища, а от притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, присоединённого к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Это указывает на то, что в основе лежало не личное имя, а прозвище или термин, который в русском языке склонялся по типу «отец» — «отцов», но здесь использован редкий вариант «отчин». Такая модель встречается у фамилий, образованных от названий должностей или социальных статусов: например, Бояршин, Княжин.

Корень «шанш-» в русском языке не имеет очевидной славянской этимологии. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «шан» или «шанш» может означать «слава», «честь», «достоинство» (ср. казахское «шан» — пыль, но в переносном смысле — «величие»). Суффикс -ш- в тюркских прозвищах часто указывает на деятеля: «шанши» — «тот, кто обладает славой» или «славный». Прозвище Шанша могли дать человеку за гордый нрав, знатное происхождение или военные заслуги. В XVI–XVII веках такие прозвища были распространены среди служилых татар и выходцев из Золотой Орды, которые поступали на русскую службу и получали поместья.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах русского Севера «шанша» — диалектное название шубы из овчины, крытой сукном. Прозвище Шанша мог получить скорняк или купец, торговавший такой одеждой. Однако эта гипотеза слабее, поскольку фамилия не фиксируется в северных регионах с высокой плотностью, а её ареал тяготеет к южным и центральным областям, где сильнее тюркское влияние.

Географически фамилия Шаншины встречается в основном в Центральной России, особенно в Тульской, Рязанской и Калужской губерниях. В дворянских родословных книгах этих губерний значатся Шаншины — старинный род, восходящий к концу XVI века. По данным историка А. Б. Лобанова-Ростовского, Шаншины служили воеводами, стольниками и московскими дворянами. Один из представителей рода, Пётр Шаншин, упоминается в разрядных книгах как участник Ливонской войны. Таким образом, фамилия имеет чёткую социальную привязку: её носители в основном принадлежали к служилому сословию, а не к крестьянству.

В современном русском языке фамилия Шаншина звучит как типичная «дворянская» по модели, и это не случайно. Редкий суффиксальный тип и тюркский корень указывают на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из ордынской знати, принявшими православие и влившимися в состав русского дворянства.