Фамилия Шаперова — женская форма фамилии Шаперов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или названий профессий (Кузнецов), основа «шапер» не встречается в повседневной русской лексике. Здесь возможны два основных пути, и оба ведут к прозвищу.

Первый и самый вероятный вариант: основа восходит к диалектному слову «шапёр» — так в некоторых говорах называли шалаш, навес или временное укрытие из веток. Человек, получивший прозвище Шапёр, мог быть строителем таких укрытий, либо жить в бедной, похожей на шалаш избе. Суффикс -ов присоединился к прозвищу по стандартной модели, означая «сын (или потомок) Шапёра». В этом случае фамилия — типичный пример прозвища по роду занятий или по месту обитания.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: связь с тюркским словом «шап» или «шапыр» — быстрый, резкий, либо с глаголом «шапать» (шлёпать, хлопать). В таком случае Шапером могли прозвать человека с резкими движениями или, в переносном смысле, говорливого. Однако эта гипотеза слабее, так как тюркские заимствования в русских прозвищах чаще касаются внешности или характера, а не бытовых предметов, и для «шапёр» есть прямые диалектные параллели.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «ё» в корне — она часто выпадает в документах, и фамилию могут записывать как Шаперова. Но исходная форма с «ё» (Шапёров) точнее передаёт звучание прозвища. Фамилия редкая, географически тяготеет к центральным и южным областям России, где были распространены курные избы и шалаши. Сословной привязки нет: прозвище Шапёр могли дать и крестьянину, и ремесленнику, работавшему с деревом или жившему в лесу.