Фамилия Шаперин — одна из тех, что хранит память о прозвище или профессии предка. Её основа, «шапёр», в русских говорах имела два основных значения, и оба ведут к вполне конкретному человеку, от которого и пошла фамилия.

Самое вероятное объяснение — профессиональное. Шапёром в диалектах называли мастера, который изготовлял шапки. Слово образовано от «шапка» с помощью суффикса -ёр, который часто указывал на деятеля (ср.: шахтёр, дирижёр). В этом случае родоначальник Шапериных был, скорее всего, ремесленником-скорняком или шапочником. Второе, менее распространённое значение — «шутник, балагур, пройдоха» (от глагола «шаперить» — дурачиться, озорничать). Такое прозвище могли дать человеку с весёлым и хитрым нравом.

Фамилия образована по стандартной для русских земель модели: к основе «Шапер» добавили притяжательный суффикс -ин. В старину это означало «чей сын?» — «Шаперин», то есть сын Шапёра. Такая форма характерна для фамилий, возникших из слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я (ср.: Фомин, Кузьмин).

С точки зрения географии, фамилия Шаперин — довольно редкая. Она встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале. Это косвенно подтверждает версию о профессиональном прозвище: шапочное ремесло было распространено повсеместно, но в северных деревнях, где сохранялся традиционный уклад, такие прозвища дольше оставались в ходу.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к слову «шапёр» в значении «шатёр» или «палатка» — это омонимы, возникшие из разных корней. В ономастике нет единого мнения о том, какая из двух версий (ремесленная или прозвищная) первична для Шаперина, но обе правдоподобны и не противоречат друг другу: один и тот же человек мог быть и шапочником, и балагуром.