Фамилия Шаперина — одна из тех, что образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на -а через суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Шаперина — «дочь или жена Шаперина», то есть человека, которого в быту звали Шапера или Шаперя.

Корень здесь — «шап-», который в русских говорах дал несколько значений. Самое очевидное: прозвище Шапера мог получить мастер по изготовлению шапок — шапочник, скорняк, занимавшийся головными уборами. В северных и сибирских диалектах слово «шапера» также означало нечто вроде «неуклюжий, мешковатый человек» — от глагола «шаперить» (ковылять, ходить вразвалку). Третья, менее вероятная, но возможная версия: через украинское или белорусское влияние, где «шапера» — искажённое «шафар» (ключник, эконом из немецкого Schaffer). Однако для русской фамилии первая версия, ремесленная, выглядит наиболее естественной.

Интересно, что фамилия Шаперин (а женская форма Шаперина — её грамматическое производное) встречается не повсеместно, а с заметной концентрацией в Вологодской и Архангельской областях. Это указывает на возможное происхождение из севернорусских земель, где традиционно было развито скорняжное дело и где диалектное слово «шапера» бытовало дольше, чем в центральных регионах. В писцовых книгах XVI–XVII веков такие прозвища могли записывать как «Шапера» или «Шаперик», и только позже, при оформлении фамилий, к основе добавился типичный суффикс -ин.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шапкин, Шапочкин, Шаповалов — показывает, что Шаперина стоит особняком: она образована не от прямого названия предмета (шапка), а от прозвища, которое могло быть и профессиональным, и диалектным. Это делает её более редкой и локально привязанной. Носительница фамилии Шаперина, скорее всего, происходит из рода, где предок либо шил шапки, либо получил уличное прозвище за походку или манеру одеваться — и это прозвище закрепилось на века.