Фамилия Шарафеев восходит к мусульманскому мужскому имени Шарафи. Это имя может представлять собой диалектный вариант имени Шарафутдин (Шараф ад-Дин), что в переводе с арабского означает «слава вере». Кроме того, не исключено, что в основу фамилии легло полное арабское имя Шарафи, что значит «дорогой, уважаемый, знаменитый, известный» или «знатный, благородных кровей». Скорее всего, изначально эта фамилия звучала как Шарафиева, а впоследствии адаптировалась к русскому языку и стала писаться как Шарафеев. Таким образом, потомок человека, которого звали Шарафи, со временем получил фамилию Шарафеев.