Фамилия Шарафина — женская форма фамилии Шарафин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин типична для русских фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на согласный или -а/-я: она указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок Шарафы). В мужском варианте Шарафин, как и в фамилиях Шарапов, Шарафутдинов, корень восходит к арабскому имени Шараф, что значит «честь», «достоинство», «слава». Однако здесь не просто имя: основа Шарафа (или Шараф) могла быть прозвищем или сокращённой формой сложносоставного имени — например, Шарафетдин («честь веры») или Шарафулла («слава Аллаха»).

География фамилии указывает на её татарское или башкирское происхождение, хотя встречается она и у народов Кавказа. В русской среде такие фамилии закрепились через крещёных татар или через потомков служилых мусульман, которые получали фамилии по имени отца. Суффикс -ин, а не -ов, намекает на то, что основа могла звучать как Шарафа — имя или прозвище на -а, что характерно для тюркских языков, где усечённые формы имён не редкость. Сравните: Шарафутдинов — полная форма, Шарафин — сокращённая, более русифицированная.

Интересная деталь: если бы фамилия писалась через «и» в корне — Шерифина, — она бы указывала на арабское «шериф» (знатный, благородный), но здесь именно «шараф», с ударением на второй слог. В дореволюционных документах можно встретить варианты Шарафина, Шараффина, Шарапова — это следы адаптации тюркского произношения к русской графике. Кем были предки? Скорее всего, человеком, которого звали Шарафой — либо в честь почётного титула, либо с пожеланием благородства. Никаких данных о дворянском сословии нет: фамилия бытовала в среде крестьян, мещан и духовенства, особенно в Поволжье и Приуралье.