Фамилия Шарафова образована от мужского имени Шараф, которое пришло в русский язык из арабского мира вместе с исламской традицией. В арабском «шараф» (شرف) означает «честь», «достоинство», «благородство». Имя было распространено среди народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии — татар, башкир, азербайджанцев, дагестанских народов. В русской среде фамилия закрепилась через контакты с тюркскими и кавказскими культурами, а также через мусульман, переходивших в православие и получавших фамилии по имени отца.

Суффикс -ов в фамилии Шарафова указывает на принадлежность: Шарафов — сын Шарафа. Это типичная модель для русских фамилий, но в данном случае основа не славянская, а заимствованная. Женская форма Шарафова — это вариант для женщины, тогда как мужская — Шарафов. Встречается также вариант с окончанием -ев (Шарафева), но он редок и связан с особенностями произношения в некоторых диалектах.

Учитывая ареал распространения, носители фамилии Шарафова чаще всего имеют татарские или азербайджанские корни. В татарской среде имя Шараф могло быть как самостоятельным, так и сокращением от составных имён вроде Шарафетдин (честь веры). В Дагестане, особенно среди лезгин и аварцев, имя Шараф также встречается, но фамилия там могла оформляться без суффикса — просто Шараф. Русский суффикс -ов в таких регионах нередко появлялся при переписях, когда чиновники записывали имена на русский лад.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах русского севера слово «шараф» или «шарапа» могло означать нечто несуразное, нелепое — например, небрежно одетого человека. Но эта гипотеза слабая, потому что фамилия почти не встречается в исконно русских областях, а её концентрация совпадает с регионами, где бытует арабское имя. Так что основная версия — благородное происхождение от имени, связанного с честью и достоинством.

Фамилия не относится к числу массовых, но встречается стабильно в Татарстане, Башкортостане, Азербайджане и среди диаспор в Москве и Санкт-Петербурге. В дореволюционных документах можно найти Шарафовых среди купцов и ремесленников Казани, но дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.