Фамилия Шарафин — редкий случай, когда суффикс -ин спорит с основой. На первый взгляд, типичная русская модель «основа на -а + -ин»: Шараф-а + -ин. Но исходное имя или прозвище Шарафа в русских говорах не зафиксировано. Всё указывает на то, что перед нами — русифицированная форма тюркского имени.

Основа фамилии восходит к арабскому имени Шараф (شرف) — «честь», «достоинство», «слава». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) это имя распространено в формах Шараф, Шарафи, Шарафетдин. При переходе в русскую среду имя могло получить типичный русский патронимический суффикс -ин, превратившись в Шарафин. То есть фамилия буквально значит «потомок Шарафа» или «из рода Шарафа».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «шараф» или «шарафа». В некоторых южнорусских говорах «шараф» — это «сор», «мусор», а «шарафуга» — неопрятный человек. Однако эта гипотеза слабая: фамилия Шарафин встречается в Поволжье и на Урале, где тюркский след намного сильнее, чем южнорусские говоры.

География фамилии подтверждает тюркское происхождение. Основная масса носителей Шарафиных — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и у русских, но почти всегда в регионах с исторически смешанным населением. Фамилия не относится к дворянским — её носителями чаще всего были крестьяне, мещане, ремесленники из татарских или башкирских родов, принявшие православие или просто адаптировавшие фамилию под русскую грамматику.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шарафов, Шарафутдинов, Шарафиев. Форма Шарафин — самая русифицированная, с полным замещением тюркского суффикса -и или -ов на русский -ин. Это говорит о том, что предки носителя фамилии жили в плотном русском окружении и фамилию оформляли уже по русским документам.