Фамилия Шарапатин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. В ней нет суффикса -ов или -ин, привычного для большинства русских фамилий; её образует суффикс -атин, который указывает на принадлежность к чему-либо или происхождение от прозвища. Если бы фамилия была Шарапов, она строилась бы по стандартной модели «чей?» — сын Шарапа. Но Шарапатин — это притяжательное прилагательное от прозвища Шарапата. Иными словами, предка звали не Шарап, а Шарапата.

Корень «шарап» в русских говорах многозначен и чаще всего связан с глаголом «шарапнуть» — резко схватить, ударить, цапнуть. В словаре Даля «шарап» — это грабёж, наглый захват («взять на шарап» — ограбить врасплох). Соответственно, Шарапатой могли прозвать человека хваткого, резкого в движениях или склонного к неожиданным поступкам. Вторая версия — диалектное «шарапа» в значении «неуклюжий, нерасторопный человек». Тогда прозвище носило противоположный смысл: так могли назвать медлительного или неловкого крестьянина. Третья, менее вероятная, но возможная — связь с тюркским «шарап» (вино), но для русской фамилии этот корень нетипичен, и прозвище Шарапата скорее бытовое, чем «винное».

Суффикс -атин в русских фамилиях встречается гораздо реже, чем -ов или -ин. Он характерен для прозвищ, оканчивающихся на -ата (например, Борода — Бородатин, Косой — Косатина), и подчёркивает, что фамилия образована не от имени, а от уличного прозвания. Шарапатин — фамилия преимущественно южнорусского ареала, встречается в воронежских, курских и ростовских записях. Это говорит о том, что предки могли быть однодворцами или государственными крестьянами чернозёмной полосы, где уличные прозвища закреплялись за целыми родами.

В XIX веке фамилия Шарапатин фиксируется в метрических книгах Воронежской губернии, особенно в Бирюченском и Валуйском уездах. Носители её, судя по документам, были людьми незнатными: крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено. Таким образом, современный Шарапатин с высокой вероятностью происходит от прозвища Шарапата — человека либо хваткого и резкого, либо, наоборот, нерасторопного, в зависимости от того, какое значение корня было в ходу у его предков.