Фамилия Шаркадий — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. Корень «шаркад» прямо указывает на венгерский город Шаркад (Sarkad), расположенный в медье Бекеш на юго-востоке страны. По-венгерски sárkád означает «грязевой ручей» или «топкое место», что логично для поселения у реки. Фамилии, образованные от названий населенных пунктов с суффиксом -ий, — типичная модель для украинской и польской ономастики, особенно для выходцев с запада современной Украины и Подолья. Носитель фамилии Шаркадий — это, скорее всего, потомок человека, который переселился из венгерского Шаркада на украинские или польские земли, где его прозвали по месту прежнего жительства: «Шаркадский», а со временем написание упростилось до Шаркадий.

Менее вероятна, но не исключена версия, что в основе лежит тюркское прозвище. В тюркских языках есть слово «шаркат» или «шаркы» — «восток», «восточный». Тогда Шаркадий могло быть прозвищем человека, пришедшего с востока, или того, кого так дразнили за смуглый облик. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, тюркские фамилии на -ий нехарактерны для русского ареала, во-вторых, в венгерских записях фамилия Шаркади (Sarkadi) встречается массово и с XVI века, что дает прямую документальную базу.

Суффикс -ий в фамилии Шаркадий — не русский патронимический суффикс (-ов, -ин), а типично западнославянский или украинский адъективный суффикс, который образовывал прилагательные от географических названий. Говорить о дворянском или крестьянском происхождении этой фамилии сложно: в Речи Посполитой такую модель использовали все сословия, от шляхты до мещан. В Российской империи носители фамилии Шаркадий фиксируются в основном в Подольской и Киевской губерниях, что косвенно подтверждает маршрут миграции с венгерского пограничья.