Фамилия Шархмуллин — редкий образец тюрко-арабского именослова, переработанного русской грамматикой. Её основа восходит к мусульманскому составному имени Шархмулла, где первая часть «шарх» (от арабского شرح — «объяснение», «толкование», «комментарий») соединяется с «мулла» (араб. مَوْلَى — «господин», «учёный», «духовное лицо»). В буквальном смысле Шархмулла — «толкователь веры» или «разъяснитель божественного учения», то есть человек, сведущий в исламском богословии и способный растолковать сложные места Корана и хадисов.

Фамилию образовали по стандартной русской модели: к тюркскому имени Шархмулла добавили патронимический суффикс -ин, который в русском языке закрепился за основами на -а, -я. Шархмуллин, таким образом, — это «сын Шархмуллы». Такая схема типична для фамилий татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья, которые в XIX — начале XX века массово получали фамилии по отцу с помощью русских суффиксов.

Географически фамилия Шархмуллин встречается почти исключительно в Башкортостане и Татарстане, реже — в соседних областях (Оренбургская, Челябинская). Это указывает на локальное бытование исходного имени среди местных мусульман. Само имя Шархмулла — не частое, оно относится к «учёному» пласту антропонимии: его давали в семьях мулл или религиозных учителей, подчёркивая связь с исламским знанием. Поэтому предки носителей фамилии с высокой вероятностью были либо сами муллами, либо происходили из среды сельских имамов и грамотеев, обучавших детей при мечети.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила ударение на втором слоге — Шархму́ллин, что соответствует тюркскому произношению имени. В русской записи иногда встречаются варианты с ошибками (Шархмулин, Шархмуллин с одним «л»), но нормативное написание — с двойной «л» в суффиксе. Спорных версий происхождения нет: арабская основа и тюрко-русский способ оформления не оставляют сомнений в том, что перед нами фамилия потомка толкователя священных текстов.