Фамилия Шавканов — одна из тех, где за привычным русским суффиксом -ов скрывается нерусская, скорее всего тюркская основа. Если отбросить окончание, получим корень «Шавкан». Сразу бросается в глаза, что это не славянское слово, и не крестильное имя из святцев. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским мужским именем Шавкан. В некоторых тюркских языках, например в казахском и башкирском, «шавкан» или близкие по звучанию формы означают «быстрый», «проворный», «резвый». Имя могло даваться мальчику как пожелание ловкости и скорости, или же закрепиться за человеком как прозвище по характеру.

Второй, менее распространённый вариант — связь с арабским именем Шавкат (Шаукат), что значит «могущество», «величие». В тюркской среде это имя могло трансформироваться в более привычную форму Шавкан, особенно в просторечии. Тогда Шавканов — это сын Шавката, то есть потомок человека, носившего это имя.

Суффикс -ов указывает на русский способ оформления фамилии, типичный для XVI–XIX веков, когда инородческое население Российской империи получало фамилии по отцу. Предки Шавкановых, скорее всего, были тюрками по происхождению — татарами, башкирами, казахами или представителями других народов Поволжья и Урала. В метрических книгах и ревизских сказках фамилия встречается в основном в регионах с компактным проживанием татар и башкир: в Оренбургской, Уфимской, Казанской губерниях, а также позже в Средней Азии.

Интересно, что фамилия Шавканов не имеет однокоренных «двойников» с другими суффиксами (вроде Шавкаев или Шавканский), что говорит о её относительно позднем и локальном оформлении. Носители фамилии, вероятно, были из крестьянского или мещанского сословия, реже — из служилых татар. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется, что тоже косвенно подтверждает её простонародное происхождение.