Фамилия Шайников образована от прозвища Шайник, а не напрямую от названия предмета. В этом ключевое отличие от многих «ремесленных» фамилий. Слово «шайник» в русских говорах имело два основных значения: либо это мастер, делавший шайки (небольшие деревянные кадки или ушаты), либо так называли самого владельца шайки — то есть человека, который пользовался этой посудой в бане или хозяйстве. Второе значение встречалось реже и чаще имело ироничный оттенок: «шайником» в некоторых регионах дразнили любителя попариться или того, кто постоянно таскал с собой бадейку.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель принадлежности: Шайников буквально означает «сын Шайника». Фамилия закрепилась на севере и северо-востоке России, особенно в Вятской и Пермской губерниях, где промысел бондарей и изготовление деревянной утвари были распространены. В этих краях шайки использовали не только в банях, но и для засолки, квашения, хранения продуктов, поэтому мастеров-шайников ценили.

Встречается также версия, что прозвище могли дать человеку с круглым, полным лицом — в переносном смысле «шайка» означала нечто округлое и широкое. Но эта гипотеза менее убедительна: прямое ремесленное значение для прозвищ всегда первично, а антропонимические словари (в частности, работы В. А. Никонова) фиксируют именно связь с профессией.

Фамилия не относится к числу очень редких, но и массовой не стала — её носители в основном потомки крестьян и ремесленников из северных регионов. В дореволюционных метрических книгах Шайниковы чаще всего записаны как государственные крестьяне или мещане, что типично для фамилий, образованных от названий рабочих специальностей.