Фамилия Шаишников — один из тех случаев, когда внешне сложная и редкая форма скрывает довольно прозрачную основу. Сразу скажем главное: перед нами типичная «профессиональная» фамилия, образованная от названия ремесленника — шаишника.

Корень «шаиш-» восходит к тюркскому слову «шаиш» (или «шайиш»), которое в южнорусских и казачьих говорах означало плетёный шалаш, временное укрытие из веток, камыша или соломы. Шаишником называли того, кто такие шалаши строил — либо для пастухов и охотников, либо для соляных и рыбных промыслов, где люди жили сезонно. В некоторых регионах слово закрепилось за человеком, который торговал готовыми плетёными изделиями или даже за тем, кто жил в шалаше постоянно (бедняк, бродяга). Фамилия образована по стандартной русской модели: основа «шаишник» плюс патронимический суффикс -ов, то есть буквально «сын шаишника».

Интересна география фамилии. Шаишниковы — почти исключительно донские и кубанские казаки. Фамилия встречается в документах станиц Нижнего Дона (Багаевская, Мелиховская) и в Краснодарском крае. Это не случайно: в степи, где леса мало, плетёные шалаши из камыша и бурьяна были основным жильём для бедноты и сезонных рабочих. За пределами казачьих областей фамилия практически не фиксируется, что делает её надёжным маркером происхождения из южнорусского степного пограничья.

Словообразовательный нюанс: суффикс -ник в основе «шаишник» указывает на лицо по занятию, а не на владельца (как, скажем, в фамилии Шалашов). То есть предок Шаишникова не просто имел шалаш, а делал их на продажу или по найму. Это ремесло считалось низовым, подённым, и фамилия, скорее всего, возникла в среде казачьей голытьбы или иногородних батраков, а не в зажиточных родах.

В написании возможна путаница: в старых метриках фамилию могли записать как Шаишников, Шайшников (через «й») или даже Шаичников (под влиянием диалектного произношения). Но корень везде один — от «шаиш». Вариант с «аи» в первом слоге (а не «ае» или «ая») — самый частый и правильный с точки зрения исторической фонетики.

Версия о происхождении от личного имени Шаиш (гипотетическая тюркская форма) не выдерживает критики: такого имени в русских святцах или в тюркском именослове нет. Также маловероятна связь с еврейским именем Шая (Исайя) — фамилия Шаишников чисто русская по модели и ареалу, и к еврейским фамилиям на -ович/-ский отношения не имеет.