Фамилия Шайшников — редкий пример, где основа, на первый взгляд, кажется диалектной или иноязычной, но при ближайшем рассмотрении укладывается в старую русскую модель прозвищ. Разбирать её удобнее с суффикса: -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Шайшников), а значит, в основе лежит прозвище Шайшник. Что оно означало — главный вопрос.

Самая вероятная версия связывает Шайшника с диалектным словом «шайш» или «шаиш». В русских говорах, особенно на севере и Урале, так называли нечто взлохмаченное, растрёпанное, торчащее в разные стороны — например, клок сена, пучок соломы, а то и растрёпанный веник. Отсюда прозвище Шайшник мог получить человек с неряшливой, торчащей шевелюрой. Есть и другая, более редкая нить: в некоторых говорах «шайш» означало шишку, нарост на дереве или шиповник, но это значение встречается реже и слабее подтверждено.

Менее убедительна, но заслуживает упоминания версия от тюркского «шай» (вещь, предмет) или «шайтан». Прямых параллелей в русской ономастике с такими корнями мало, и для фамилии Шайшников эта гипотеза остаётся чисто спекулятивной — проще и логичнее объяснить её из живого русского диалекта.

Фамилия явно недворянская и не духовная. Суффикс -ов и просторечная, бытовая основа указывают на крестьянское или посадское происхождение. Скорее всего, предок Шайшниковых получил прозвище в среде, где внешность или привычка служили главным отличительным признаком. По географии фамилия встречается разрозненно — в Поволжье, на Урале и в Сибири, что косвенно подтверждает её севернорусские диалектные корни, которые вместе с переселенцами ушли за Урал.

В написании фамилия устойчива: двойное «ш» и суффикс -ник- без выпадения гласной. Вариант «Шаишников» (с буквой «и») — скорее ошибка или описка, чем историческая норма.