Фамилия Щелкачев — одна из тех, где за неблагозвучной, на первый взгляд, основой стоит конкретное ремесло или прозвище. Её модель образования стандартна: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), а корень Щелкач- — это личное прозвище родоначальника.

Прозвище Щелкач в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное, от которого пошла фамилия, — не «тот, кто щёлкает», а «щелкунчик» или «щелкун». Так в некоторых регионах называли человека, который щёлкал орехи зубами, либо того, кто говорил резко, отрывисто, «щелкал» словами. В словаре Даля «щелкач» — ещё и бойкий, болтливый человек. Однако есть и более конкретная версия: в северных и сибирских говорах «щелкачом» могли называть птицу (например, клеста) или даже мелкого хищника, но для прозвища человека такое маловероятно.

Интересно, что фамилия Щелкачев встречается в основном на Русском Севере и в Сибири — в Архангельской, Вологодской губерниях, а также у казаков. Это указывает на то, что прозвище Щелкач могло закрепиться за человеком не за пустую болтовню, а за конкретный промысел. Например, в поморских деревнях «щелкачами» звали тех, кто колол (щёлкал) камни для жерновов или обрабатывал кремень для ружей. Ономасты, в частности Б. Унбегаун, относят такие фамилии к группе прозвищ по роду деятельности, хотя прямо о Щелкачеве не пишут.

Встречается и вариант с ударением на первый слог — Щёл-ка-чев, что могло возникнуть под влиянием слова «щёлка» (впадина, ямка). Но основная версия остаётся прозвищной: предок носителя фамилии был либо говорливым, либо мастером по раскалыванию твёрдых материалов. Дворянского происхождения у Щелкачевых нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в письменных источниках не позднее XVII века.