Фамилия Щепко — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, закрепилось за его потомками в почти неизменной форме. Её основа — слово «щепа» или «щепка». В древнерусском языке так называли не только мелкий осколок дерева, но и человека худого, тщедушного, либо, наоборот, колкого, резкого на язык. Прямая аналогия — современное выражение «щепетильный», которое раньше имело более конкретный оттенок: обидчивый, придирчивый, как заноза.

Словообразовательная модель здесь прозрачна, но не самая частая. Суффикс -к- в русских фамилиях обычно указывает на уменьшительную форму имени (Иванко, Петько), а в украинской и белорусской традиции он же мог выступать как прозвищный суффикс, закрепляющий характерный признак. Фамилия Щепко — типичный пример южнорусского или украинского отантропонимического образования, где конечное -о вместо привычного -ов указывает на то, что предок, скорее всего, жил на землях современной Украины или в южных губерниях Российской империи. В северных и центральных областях России от той же основы чаще образовывали фамилии Щепкин, Щепочкин, Щепков.

Вероятно, родоначальник Щепко получил прозвище за внешность (очень худой, «щепка») или за занятие. Щепой называли и дранку — тонкие дощечки для кровли. Щепник, щепетильник — это не только продавец щепного товара (мелких деревянных изделий: ложек, мисок), но и, по Далю, мелочный торговец вообще. Так что предок мог быть ремесленником-древоделом или мелким коробейником. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «щепать» — расщеплять, колоть; прозвище могли дать дровосеку или плотнику.

Фамилия не относится к дворянским и не встречается в родословных книгах. Она бытовала в основном среди крестьян и мещан. Географически её следы ведут в Полтавскую, Черниговскую, Харьковскую губернии, а также на Кубань, куда переселялись казаки и крестьяне с Украины. Встречается она и в Беларуси, но там чаще пишется через «а» — Щапко, что связано с местным произношением.

Сравните с однокоренными фамилиями: Щепкин — более русифицированный вариант, Щепин — отчество от прозвища Щепа, Щепочкин — от уменьшительной формы. Щепко же сохранило исходное прозвище почти без изменений, что делает её особенно ценной для историка: она прямо указывает на то, как человека называли в быту, без перехода в патронимическую форму.