Фамилия Щербачкова образована по стандартной русской модели: от мужской формы Щербачков через притяжательный суффикс -ов. В основе лежит прозвище Щербач. Это уменьшительная форма от слова «щерба» — зазубрина, выбоина, щербина. В переносном смысле «щербатым» называли человека с заметным дефектом — чаще всего с отсутствующим зубом или со шрамом на лице. Суффикс -ак (-ач) в прозвищах часто придавал оттенок характерности: Щербач — тот, у кого есть щербина, носитель этого признака.

Модель «Щербач → Щербачков → Щербачкова» — одна из самых распространённых в русской антропонимии: сначала прозвище, затем фамилия отца на -ов, потом женская форма. Примечательно, что в этом ряду фамилия могла возникнуть и без промежуточной мужской формы: если в документах записали сразу «Щербачкова» как жену Щербачка. Но в подавляющем большинстве случаев это именно фамилия, унаследованная по мужской линии.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным русским областям. В писцовых книгах XVI–XVII веков нередко встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Щербач — например, в новгородских и тверских землях. Это указывает на недворянское, скорее крестьянское или ремесленное происхождение большинства носителей. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили духовенство или шляхта, Щербачковы — потомки простых людей, получивших прозвище за внешнюю примету.

Редкий суффикс -ачков в окончании делает фамилию отличимой от более частых Щербаковых или Щербининых. Если Щербаков прямо указывает на «щербатого», то Щербачков добавляет уменьшительно-ласкательный оттенок: не просто щербатый, а «маленький щербатый» — возможно, так звали младшего в семье или подростка. В современных телефонных справочниках фамилия встречается редко, что говорит о её сохранении в локальных гнёздах, без массового расселения.