Фамилия Щунников — редкий случай, когда угадать происхождение с ходу почти невозможно. На слух она кажется то ли искажённой, то ли диалектной, а на деле за ней стоит конкретное прозвище, которое в XVIII–XIX веках было вполне обычным в северных и центральных губерниях России.

В основе фамилии лежит прозвище Щунник. Оно образовано от слова «щун» — в русских говорах так называли хворост, мелкий сухой валежник, а также нечто ветхое, щуплое, ненадёжное. Человек мог получить прозвище Щунник за худощавое телосложение, за привычку носить старую одежду или даже за характер — «щунявый» человек в некоторых областях значил вялый, болезненный, слабосильный. Другая, менее вероятная версия связывает «щун» с глаголом «щунять» (журить, выговаривать) — тогда Щунником могли прозвать ворчуна или того, кто постоянно делал замечания.

Модель образования типична для русских фамилий: к прозвищу на -ник прибавили патронимический суффикс -ов. Щунников буквально значит «сын Щунника». Интересно, что суффикс -ник в прозвищах встречается реже, чем -ок или -ка, и чаще указывает на устойчивую черту или род занятия. В случае с Щунниковым это скорее прозвище-характеристика, а не профессиональное имя.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России. В переписях XVII–XVIII веков носители прозвища Щунник фиксировались в Вятской, Пермской и Архангельской губерниях — как раз там, где слово «щун» бытовало в местных говорах. В центральных регионах фамилия встречается реже, что подтверждает её диалектное происхождение.

Сословная принадлежность у Щунниковых была крестьянской или мещанской. В дворянских родословных книгах эта фамилия не числится, что логично: прозвище с оттенком «неказистый, хилый» вряд ли могло стать основой для благородной фамилии. Однако именно такие «простые» фамилии лучше всего сохраняют живую народную речь — в них слышен говор тех мест, где люди называли вещи своими именами.