Фамилия Щеников — один из тех случаев, когда внешне прозрачная форма скрывает сразу несколько возможных версий, и выбор между ними зависит от того, на какой исторической глубине мы копаем.

Самое очевидное, что бросается в глаза, — основа «щен-». В русских говорах слово «щен» или «щень» могло означать не только детёныша собаки, но и вообще молодое, неопытное существо, а в переносном смысле — невысокого ростом или щуплого человека. Прозвище Щен или Щеня было известно на Руси с давних пор: в XV–XVI веках его носили люди из разных сословий, вплоть до князей (например, князь Даниил Щеня, воевода Ивана III). От такого прозвища с помощью патронимического суффикса -ов и возникла фамилия Щеников: буквально «сын Щеника», а Щеник — уменьшительная или уничижительная форма от Щен.

Однако есть и менее очевидный путь. В северных и центральных говорах существовало слово «щенить» — то есть щипать, отщипывать, отделять мелкие части. Отсюда могло возникнуть прозвище Щеник для человека, занятого каким-то кропотливым, «щипковым» ремеслом: например, щипальщика пеньки или льна. С учётом того, что суффикс -ик в русских фамилиях часто указывал на профессию или характерное действие, эта версия по-своему логична, хотя и менее популярна, чем «щенячья».

Обратим внимание на суффикс -ов. Он указывает на то, что фамилия сформировалась в центральной или южной части России, где преобладала эта модель, а не северная (-ин) или западная (-ский). Географически Щениковы встречаются в разных регионах, но заметная концентрация — в бывших владимирских и костромских землях, где слово «щенить» было в ходу. Это склоняет чашу весов в пользу ремесленной версии, хотя полностью исключать прозвищную не стоит: вполне возможно, что разные ветви рода получили фамилию независимо друг от друга по разным причинам.

Таким образом, у фамилии Щеников два равноправных корня: либо предок был прозван Щеником за внешность или характер, либо за занятие, связанное с щипанием. В обоих случаях фамилия — не книжная, а живая, из народной речи, и её носитель может с равной вероятностью происходить как от боярского слуги, так и от ремесленника.