Фамилия Шекалин образована от прозвища Шекал, которое, скорее всего, ведет свое начало от литовского глагола siekti, что в переводе на русский язык означает «добиваться, достигать, стремиться». Вполне вероятно, что прозвища Шекал мог получить целеустремленный человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекал, со временем получил фамилию Шекалин.