Фамилия Шекалина — женская форма, а мужская, Шекалин, образована от личного прозвища или имени Шекала. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «шекать» — бить, хлестать, стегать, а также говорить быстро, тараторить. В словаре Владимира Даля «шекала» — бойкий, болтливый человек, пустомеля. Прозвище могли дать говорливому, непоседливому человеку или, наоборот, тому, кто работал с хворостиной, например пастуху.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шекалин буквально значит «сын Шекалы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и поволжских регионах России, встречается в старых переписях Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерний.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «шекер» (сахар) через диалектное «шекель» или «шикала». В таком случае прозвище могло относиться к сладкоежке или торговцу сладостями. Однако фонетика русского слова «шекать» и его производных выглядит убедительнее: в ономастике известны однокоренные фамилии Шекалов, Шекаловский, а также Шекин, что подтверждает активность этой основы в народной речи.

Фамилия не относится к дворянским — носители были крестьянами, ремесленниками или однодворцами. Встречаются варианты написания Шекалина и Шекалин, но ударение обычно падает на второй слог: Шека́лин.