Фамилия Шелдунов — одна из тех, где на первый план выходит не имя, а прозвище, причем с довольно прозрачной, но неожиданной этимологией. Вопреки возможной ассоциации с «шалопай» или «шальной», корень здесь, скорее всего, связан с глаголом «шелданить» или «шелдыбить». В русских говорах, особенно северных и сибирских, это означало «шататься без дела», «бродить праздно», «слоняться». Соответственно, Шелдуном или Шелдыбом называли человека непоседливого, праздного гуляку или бродягу. Прозвище это не было оскорбительным в современном смысле — скорее, метким бытовым ярлыком.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Шелдун» добавили патронимический суффикс «-ов», указав на принадлежность к роду: «чей?» — «Шелдунов», то есть сын или потомок Шелдуна. Суффикс «-ун» в основе активный, он часто встречается в прозвищах, образованных от глаголов (крикун, молчун, бегун), и подчеркивает склонность человека к названному действию.

В ономастических источниках фамилия не слишком частая, но имеет четкую географическую привязку. По данным переписей и метрических книг XIX — начала XX века, Шелдуновы концентрировались в северных и центральных губерниях России — Вологодской, Архангельской, Костромской, а также в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами. Встречается она и в казачьей среде, на Дону и Урале, где прозвищные фамилии были особенно распространены.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шелдун» могло означать не только бездельника, но и человека, который «шелудит» — то есть чистит, обдирает, например, рыбу или кору. Однако эта версия менее вероятна: глагол «шелудить» дал бы форму «Шелудинов» или «Шелунов», а «шелданить» — самостоятельный диалектизм с другим смысловым оттенком. Таким образом, основная версия прочно связывает фамилию Шелдунов с образом «гуляки» или «шатуна», что не редкость для русских прозвищных фамилий, где бытовая меткость ценилась выше благозвучия.