Фамилия Шелифанова — женская форма, а мужская, Шелифанов, хранит в основе прозвище или неканоническое имя. Сразу бросается в глаза редкий для русских фамилий корень «шели-». Он не связан с распространёнными календарными именами и заставляет искать объяснение в диалектах, профессиях или заимствованиях.

Самая вероятная версия ведёт к слову «шелифон» (или «шелифан») — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли шляпу, картуз, а иногда и просто головной убор. Прозвище Шелифан могли дать человеку, который носил необычную, заметную шапку, либо тому, кто их шил. В пользу ремесленной гипотезы говорит суффикс «-ан»: в русском языке он часто встречается в названиях лиц по действию или предмету (например, «грубиян», «карман»). Могло быть и имя-оберег: в старину ребёнка могли назвать Шелифаном, чтобы он «не зазнавался» — по принципу «простофиля» или «разиня», хотя прямых словарных фиксаций такого значения нет.

Менее убедительна, но возможна связь с тюркским корнем «шели» (быстрый, резвый) или с искажённым крестильным именем Селиван (Силуан). Но против последнего говорит то, что от Селивана закономерно образовались бы фамилии Селиванов или Селифанов, а «Шелифанов» — это уже другой, фонетически самостоятельный вариант, с твёрдым «ш» в начале, что характерно для южнорусского аканья или украинского влияния.

Фамилия встречается преимущественно в Ростовской области, Краснодарском крае и на Украине — то есть именно в тех регионах, где слово «шелифон» было в ходу. Это косвенно подтверждает прозвищную версию: географическая привязка к говорам делает её наиболее правдоподобной.

По сословной принадлежности Шелифановы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянские родословные книги фамилия не попала, и в дореволюционных справочниках известных носителей нет. Это рядовая, но не стёртая временем фамилия, чьё происхождение угадывается через бытовую деталь — головной убор, который когда-то выделил предка среди других.