Фамилия Шелутко — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а украинская или белорусская. На это указывает суффикс -ко, типичный для фамилий западных и южных земель бывшей Российской империи. В украинском и белорусском языках суффикс -ко (а также -енко) часто выполнял роль уменьшительности или указывал на принадлежность к роду: Шелутко — это «маленький Шелут» или «сын Шелута».

Корень «шелут» — спорный. Самая распространённая версия связывает его с диалектным глаголом «шелудить» или существительным «шелуда». В южнорусских и украинских говорах «шелуда» — это человек с шелудивой, покрытой коростой кожей, или просто неряха, оборванец. Прозвище Шелут могли дать не в обиду, а по внешнему признаку — например, человеку с проблемной кожей или тому, кто ходил в рваной одежде. В этом случае фамилия относится к группе «медицинских» или «санитарных» прозвищ, которые были широко распространены в крестьянской среде до введения обязательных фамилий.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с польским словом szelut (шелуха, кожура). Если предок занимался переработкой зерна или лущением круп, его могли прозвать Шелутом. Однако эта версия слабее: прозвища по ремеслу обычно образовывались от названия профессии (Мельник, Лущильник), а не от продукта.

Географически фамилия Шелутко чаще всего встречается на территории современной Украины (особенно в Черниговской и Полтавской областях) и в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне. В документах XIX века носители этой фамилии обычно числились государственными крестьянами или казаками — то есть людьми свободными, но небогатыми.

В написании фамилии возможны варианты: Шелутко (с ударением на второй слог) и реже Шелутко (с ударением на первый). В современной России фамилия остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — круг возможных предков сужается до конкретного региона и сословия.