Фамилия Шелуденко отчетливо указывает на украинское происхождение. Ее выдает суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером потомка: «Шелуденко» буквально означает «сын Шелудя» или «маленький Шелудь». Такие фамилии закрепились в первую очередь среди казаков и крестьян Левобережной и Слободской Украины.

Корень фамилии — прозвище Шелудь. В южнорусских и украинских говорах «шелудь» (или «шелудяк») называли человека, похожего на шелудивого — то есть больного паршой или чесоткой. В прямом смысле прозвище могли дать тому, у кого была заметная кожная болезнь. Однако в переносном значении «шелудивый» означало «плохой, дрянной, никчемный» — так могли окрестить нерадивого работника или бедняка, который ходил в обносках, «облезлый». Прозвище было обидным, но на Руси и в Малороссии подобные «профилактические» имена давали сознательно, чтобы отвести от ребенка сглаз: назвали Шелудем — вырастет здоровым и богатым.

Встречается и более прозаичная версия: прозвище Шелудь могло относиться к человеку, который занимался шелушением — например, чистил зерно или сдирал кору с деревьев. Но она менее вероятна, поскольку глагол «шелудить» в значении «чистить» не был широко распространен.

Фамилия Шелуденко бытует в основном в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Сумской, а также в Краснодарском крае и Ростовской области России, куда фамилию вынесли переселенцы. В России встречаются однокоренные варианты: Шелудько (без суффикса сыновства), Шелудяков (с русским суффиксом -ов), Шелуднев.

Сословного барьера у фамилии не было: Шелуденко мог быть и казаком, и крестьянином, и мещанином. В реестрах Запорожского войска XVII века попадаются люди с похожими прозвищами — казаки Шелудь и Шелудченко. Известных носителей фамилии, оставивших яркий след в истории, нет, но это типичная фамилия-прозвище, которая честно рассказывает о том, каким видели предка окружающие.