Фамилия Шелудин образована по самой распространенной в русском языке модели: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Он указывает на принадлежность («чей?» — сын Шелуды). Основа здесь — слово «шелуда». В разных говорах у него несколько значений, и все они выводят нас на прозвище предка.

Самая прямая версия — от «шелудивый». В старину так называли человека с кожными болезнями (лишаями, сыпью), но это не всегда было оскорблением: прозвище часто давали по внешнему признаку, который бросался в глаза, и оно закреплялось за родом. Вторая, более редкая версия связывает Шелуду с диалектным глаголом «шелудить» — шалить, проказничать. Тогда предок был озорником или шатуном. Третий вариант — от слова «шелуха», то есть «шелуда» могла означать нечто мелкое, пустое, никчемное, но это значение менее вероятно для прозвища, которое должно быть узнаваемым.

В ономастических справочниках фамилия Шелудин фиксируется как русская, но с возможным южнорусским или украинским следом. В украинском языке слово «шелуда» также означает «парша», а суффикс -ин в фамилиях встречается и у украинцев, хотя реже, чем у русских. Географически фамилия встречается в центральных областях России и на юге, что подтверждает бытование основы в курских, воронежских и донских говорах.

Стоит сравнить Шелудина с однокоренными фамилиями: Шелудков, Шелудченко, Шелудяков. Все они идут от той же основы, но с разными суффиксами. Шелудков — от той же «шелуды» через суффикс -ок (уменьшительная или уничижительная форма), Шелудченко — типично украинская фамилия с патронимическим суффиксом -енко. Шелудяков — вариант с другим суффиксом, возможно, от прозвища Шелудяк. Таким образом, Шелудин — наиболее краткая и древняя форма, без дополнительных суффиксов, что говорит о раннем закреплении прозвища в качестве фамилии.

Сословного барьера у фамилии не было: Шелудины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и даже в духовном сословии (в семинариях часто давали фамилии по внешним признакам). Никакой знаменитой династии с этой фамилией не известно, что типично для большинства русских родовых имен.