Фамилия Шепатин — редкий случай, где на первый план выходит не столько значение корня, сколько способ образования. Перед нами типичная «географическая» фамилия, созданная по модели, которая встречается реже, чем патронимы на -ов или -ин.

Основа фамилии — топоним Шепатино. Такое название могли носить деревня, хутор или урочище. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — шепатинский, то есть выходец из Шепатина или владелец тамошней земли. В русской ономастике этот суффикс обычно маркирует фамилии, образованные от существительных мужского рода на -а/-я (Шепата → Шепатин), но в случае с топонимом он выполняет роль притяжательного окончания, закрепившегося за жителем места.

Сам топоним Шепатино, скорее всего, восходит к прозвищу или некалендарному имени Шепата. В диалектах русского языка «шепать» означало «цеплять, задевать, хватать», а в некоторых говорах — «говорить невнятно, бормотать». Прозвище Шепата могли дать человеку с неразборчивой речью или, наоборот, назойливому, «приставучему» человеку. Реже корень связывают с украинским «шепати» (шептать) или с польским «szepać» (дёргать, щипать), что даёт ту же смысловую картину: прозвище по поведению или манере общения.

Географически фамилия Шепатин тяготеет к северо-западу России и к Верхнему Поволжью. Топонимы Шепатино встречаются в Тверской, Псковской и Вологодской областях. Именно в этих краях, где была развита система прозвищ, а затем и фамилий по названиям деревень, и могла сформироваться эта фамилия. Дворянского статуса у неё не прослеживается — это крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся за переселенцами, которые при переписи назывались по месту прежнего жительства.

Интересная деталь: у фамилии нет распространённого варианта с мягким знаком (Шепатьин). Это подтверждает, что исходное прозвище звучало как Шепата (с твёрдым «т»), а не Шепатий или Шепать. Если бы корень был связан с глаголом «шепать» в значении «шептать», мы бы с большей вероятностью увидели форму Шепатьин — по аналогии с фамилиями вроде Плетьин или Гулятьин. Твёрдый суффикс -ин указывает на основу, оканчивающуюся на твёрдый согласный, что и даёт нам Шепату как наиболее вероятное исходное прозвище.