Фамилия Шепина — женская форма, а её мужской вариант Шепин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шепа. Слово «шепа» в русских говорах означало «щепка», «заноза», «мелкая лучина». Прозвище Шепа могли дать человеку за худобу, сухощавость или, наоборот, за неуживчивый, колкий характер — как заноза.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Шепин — «сын Шепы». Это типичная патронимическая фамилия, как Кузьмин или Ильин, но основа здесь не календарное имя, а прозвище. Встречаются и однокоренные фамилии: Шепкин, Шепков, Шепелёв, но последняя восходит к другому корню — «шепелявый».

Интересно, что в некоторых регионах «шепа» могло быть ироничным прозвищем для того, кто занимался щепным товаром — делал лучину, драл дранку или торговал щепой. В таком случае предок был ремесленником или мелким торговцем. Встречается и вариант с ударением на второй слог — Шепина́, что может указывать на южнорусское или украинское происхождение, где ударение в фамилиях часто подвижно.

Фамилия не принадлежит к числу дворянских и не фиксируется в старых родословных книгах. Это крестьянская или мещанская фамилия, распространённая в центральных и южных губерниях России. В современных справочниках она редкая, но не исчезнувшая — встречается в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани.