Фамилия Шеркаева — женская форма, мужской вариант Шеркаев. Разговор о ней стоит начать с корня, который неочевиден для русского уха. В основе лежит тюркское слово «шерке» или «шерка». В татарском и башкирском языках «шәркә» означает «восток» или «восточный». В казахском «шерке» — это «сороконожка», но это значение, скорее всего, не стало прозвищем: насекомое не даёт положительной или нейтральной характеристики, а фамилии редко образуют от явно негативных зоонимов.

Гораздо правдоподобнее, что Шеркаев — фамилия, указывающая на восточное происхождение её носителя. В тюркской среде «шерке» могло быть прозвищем человека, пришедшего с востока, или же именованием по местности: в Татарстане и Башкортостане есть несколько топонимов с корнем «шерке», например, деревня Шеркалы. По модели образования фамилия типична для тюркских народов, попавших в зону русского влияния: к основе на гласный добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после твёрдых согласных). Аналогично возникли Шарафеев, Ахмадеев, где тюркское имя или прозвище обрусело через суффикс.

Суффикс -аев в этой фамилии — не случайность. Он характерен для фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на «а»: Шерка → Шерка-ев. Если бы основа была Шерк, получилось бы Шерков. Форма Шеркаев сохранила исходное звучание, что указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах, уже после того, как тюркские имена перестали переделывать на русский лад.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Носители — потомки татар, башкир или казахских родов, которые перешли на оседлость и получили фамилии по русскому образцу в XIX веке. Сословная принадлежность могла быть разной: от государственных крестьян до мелких торговцев, но не дворян, так как фамилия не имеет типичного дворянского суффикса -ский или окончания -инов.

Другой, менее вероятный вариант — связь с диалектным русским словом «шеркать» (чиркать, царапать). В этом случае прозвище Шерка мог получить человек с резким почерком или тот, кто занимался грубой работой, например, скоблил кожи. Однако тюркская версия надёжнее: во-первых, география фамилии совпадает с ареалом тюркских языков, во-вторых, слово «шеркать» редкое и локальное, а фамилия Шеркаев встречается не только в русских, но и в татарских метрических книгах.