Фамилия Шеркаев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская, но сама фамилия оформлена по русской модели. Разберёмся, что это значит.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ев. В русских фамилиях он указывает на принадлежность: «чей?» — Шеркаев, то есть сын или потомок Шеркая. Само имя Шеркай — это типичное для тюркских народов (татар, башкир, казахов) личное имя или прозвище. Его основа — «шер» (лев, тигр) или, реже, искажённое «шир» (сладкий, приятный). В тюркских языках «шер» часто входило в состав имён, подчёркивая силу и храбрость (сравните с именем Шерхан из «Маугли» — «владыка тигров»). Уменьшительный аффикс -кай (-кей) превращает суровое «шер» в ласкательное или обиходное имя: Шеркай — «львёнок», «маленький храбрец».

Таким образом, предок носителя фамилии Шеркаев мог получить прозвище Шеркай за смелость, а мог носить это имя как мирское (нецерковное) с рождения. В среде служилых татар, башкир или казанских мурз такие имена были в ходу. После присоединения Поволжья и Приуралья к Русскому государству многие тюркские фамилии русифицировали, добавив к основе патронимический суффикс. Шеркаев — один из примеров такой адаптации.

Географически фамилия встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и на Южном Урале, реже — у казахов (где может писаться как Шеркаев или Шеркай). Если искать однокоренные фамилии, то это Шершнев (от «шершень») — совсем другая история, или более очевидные Шерханов, Шерматов. Шеркаев стоит особняком именно из-за уменьшительного суффикса, который делает фамилию более «домашней», прозвищной, а не просто отсылающей к зверю.

Версия о происхождении от русского слова «шеркать» (тереть, скрести) или «шероховатый» маловероятна: в таком случае фамилия звучала бы как Шеркачев или Шеркалов, а не Шеркаев. Тюркский корень здесь основной и наиболее логичный.