Фамилия Шершекова — женская форма от Шершеков. Её основа — прозвище или неканоническое имя Шершак, которое могло звучать и как Шершек. В русском прозвищном словообразовании суффикс -ак (-як) часто указывал на носителя признака: «шершавый» — человек с грубой кожей, с неровной бородой или просто неопрятный. Чередование к/ч в корне (шершак — шершеч-) дало форму Шершек, от которой с помощью стандартного патронимического суффикса -ов образовалась фамилия Шершеков.

Слово «шершавый» в народных говорах имело не только прямое значение — шероховатый, но и переносное: угрюмый, неуживчивый, «колючий» в общении. Поэтому первый носитель прозвища мог получить его за внешность или за характер. Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным «шершень» (оса), но тогда основа была бы Шершн- (ср. Шершнёв), а не Шерш-.

Фамилия редкая. Географически она тяготеет к южнорусским и поволжским областям — там, где в диалектах сохранились формы прилагательного «шершавый» без аканья. Встречается также у тюркских народов, но там она, скорее всего, образована от тюркского личного имени Шершек (от шер — лев), и это уже иная ономастическая линия, не связанная с русской.

В русском контексте фамилия Шершеков — пример того, как внешняя характеристика человека (шершавость, негладкость) становилась его постоянным прозвищем, а затем — родовым именем. По сословной принадлежности предки могли быть крестьянами или посадскими людьми, так как прозвища такого типа в дворянской среде почти не встречались.