Основой фамилии Шестеренко послужило мирское имя Шестеря. Мирское имя Шестеря восходит к числительному «шесть». Вероятно, Шестерей назвали шестого по счету ребенка в семье. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Шестеренко лежит не мирское имя, а прозвище Шестеря, восходящее к нарицательному «шестеры» – «ворота, двери». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Шестеря относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься изготовлением проемов, калиток, дверей и т.п.