Основой фамилии Шестеров послужило мирское имя Шестер. Фамилия Шестеров образована от мирского имени Шестер, которое восходит к числительному «шесть». Вероятно, таким именем родители прозвали шестого родившегося ребенка. Подобные имена были широко распространены на Руси. Веселовского встречаются однокоренные имена и фамилии: Шестак Вышнов, муромский боярский сын, 1538; Шестой Шаблыкин, бельский помещик, 1539; Шестун Григорий Данилович Зайцев, середина ХV века; Шестунка, пятницкий крестьянин, 1586; Шестачко Офонасьев, московский стрелец, 1605; Шостак, чернобыльский мещанин, 1552 и др. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шестер, со временем получил фамилию Шестеров.