Фамилия Шестерева — женская форма фамилии Шестерев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Шестеря. В основе лежит не числительное «шесть», как можно подумать сразу, а старинное русское слово «шестеря» или «шестерка». В разных говорах так называли шестёрку лошадей, запряжённых цугом, или же артель из шести человек, работающих сообща. Однако самая вероятная версия — это прозвище человека, который входил в состав какой-либо «шестёрки»: либо был младшим, шестым сыном в семье, либо работал в бригаде из шести человек, либо имел отношение к шестёрке как к мере чего-то (например, в торговле или ремесле).

Модель образования фамилии проста и типична для русского Севера и центральных областей. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Шестерев буквально означал «сын Шестери» или «человек из рода Шестери». Интересно, что фамилия Шестерев (и Шестерева) распространена в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это не случайно: именно в северных говорах слово «шестеря» сохранялось дольше и употреблялось активнее, чем в южных. Встречаются и однокоренные фамилии — Шестаков, Шестериков, Шестернин, — но Шестерев отличается именно суффиксом -ев, а не более частым -ов, что указывает на древнюю основу на мягкий согласный.

Сословная принадлежность носителей фамилии в прошлом не была единой. Среди Шестеревых встречались и крестьяне, и посадские люди, и даже духовенство. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Шестеревых в Тотемском уезде и мещан Шестеревых в Вятке. Фамилия не была дворянской, но и не считалась редкой или унизительной — обычное родовое именование, образованное от бытового прозвища, которое со временем потеряло свой первоначальный смысл и стало просто фамилией.

Спорных версий происхождения немного, и все они маловероятны. Иногда пытаются связать Шестерева с глаголом «шестерить» (хитрить, изворачиваться), но это позднее и узкодиалектное значение, которое вряд ли легло в основу массового прозвища. Более правдоподобно, что прозвище Шестеря давали человеку, который постоянно ходил с шестом (например, для промера глубины или для опоры на переходах), но эта гипотеза не подтверждается географией фамилии — на Севере шест для ходьбы использовали редко, а вот «шестерка» как хозяйственная единица была в ходу. Поэтому основной версией остаётся связь с числом шесть и его бытовыми значениями.