Фамилия Шестерякова — женская форма фамилии Шестеряков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Шестеряк. Сама основа фамилии редкая и неоднозначная, что делает её интересной для разбора.

Самый вероятный вариант — прозвище по числу. В русских говорах «шестеряк» означало шестёрку лошадей в упряжи, а также возчика, который правил такой упряжкой. В крестьянском быту управлять шестёркой лошадей мог только опытный, зажиточный или нанятый для особых перевозок человек. Предок Шестеряковых мог быть ямщиком, кучером или просто владельцем крепкого конного хозяйства. Есть и более бытовое значение: в некоторых регионах «шестеряком» называли шестипудовый мешок (мерило зерна или муки) или шестиведерную бочку. Прозвище могли дать крупному, плотному человеку — «на шестерых тянущему».

Суффикс -як в основе типичен для прозвищ, образованных от числительных: Пятак, Семеряк, Осьмеряк. Патронимический суффикс -ов указывает на принадлежность — буквально «сын Шестеряка». Таким образом, фамилия Шестеряков — типичная для северных и центральных регионов России, где была распространена модель образования от прозвищ на -як.

Менее правдоподобная, но встречающаяся в любительских словарях версия — связь с тюркским словом «шестер» (тополь). Однако для фамилии, распространённой в русских регионах, это объяснение натянуто: прозвищ от названий деревьев с суффиксом -як в русской ономастике практически нет.

Фамилия Шестерякова не относится к дворянским или княжеским — её носители, скорее всего, были крестьянами, ямщиками или посадскими людьми. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждается архивными записями XIX века из Вятской и Пермской губерний.