Фамилия Шестухина — женская форма фамилии Шестухин. Её основа — не числительное «шесть» в прямом счёте, а древнерусское нецерковное имя Шестуха. Такие имена давали по порядку рождения: Первуха, Вторуха, Третуха, Шестуха. Шестухой могли назвать шестого ребёнка в семье. Суффикс -ух(а) в древнерусской антропонимии был типичен для прозвищ и имён, образованных от порядковых числительных, и часто носил просторечный, бытовой оттенок.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Шестух- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шестухи). Таким образом, Шестухин — буквально «потомок Шестухи». Окончание -а в женской форме не меняет смысла: Шестухина — дочь или жена Шестухина.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в бывших новгородских и вятских землях, где была распространена традиция «семейных» прозвищ по счёту детей. В документах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с именем Шестуха — например, в писцовых книгах Новгородской пятины. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянской среде предпочитали более книжные формы вроде Шестопёров или Шестаков.

Интересная деталь: фамилия Шестухин не получила широкого распространения, в отличие от Шестаков (от Шестак — шестой сын). Это говорит о том, что форма на -уха была локальной, диалектной, и носители фамилии, вероятно, происходят из одной компактной местности, где такое имя было в ходу. Если искать однокоренные фамилии, то Шестухин стоит в одном ряду с Первухиным, Вторухиным, Третухиным — все они редки и указывают на старую, архаичную систему именования.