Фамилия Шецер — редкий случай, когда внешне «русский» суффикс -ер вводит в заблуждение. В русской ономастике суффикс -ер не является продуктивным для образования фамилий от славянских корней (в отличие, скажем, от -ов или -ин). Это почти всегда маркер заимствования, чаще всего из немецкого или идиша.

Скорее всего, перед нами фамилия еврейского (ашкеназского) происхождения. В таком контексте -ер — это типичный ашкеназский суффикс, образующий фамилии по модели «человек, связанный с чем-то» (ср. Цирюльникер, Фишер, Шустер). Основа «Шец» или «Шеце» может восходить к нескольким источникам. Первый и самый вероятный — топонимический: от названия местечка Шецы (Szczuczyn) на территории бывшей Речи Посполитой (современная Польша, Беларусь или Литва). Вариант написания «Шецер» вместо более ожидаемого «Щучинский» или «Щуцер» — результат адаптации через идиш (где «Szczuczyn» могло звучать как «Шецин»). Вторая версия — от личного имени. В идише существовало уменьшительное имя Шеце (вероятно, от Шимон или Шлойме), и Шецер могло означать «сын Шеце» или «человек Шеце».

Географически фамилия Шецер практически не встречается в исконно русских регионах. Её можно найти в документах XIX–XX веков по западным губерниям Российской империи (Витебская, Могилёвская, Гродненская), а также среди эмигрантов в США и Израиле. В современной России это единичные случаи, часто с изменённым написанием.

Словообразовательная модель здесь проста, но неочевидна для неспециалиста: основа (топоним или имя) + суффикс принадлежности -ер. Фамилия не имеет отношения ни к какому русскому слову или прозвищу. Если искать однокоренные фамилии в славянской среде, ближайшими будут Щукин (от «щука») — но это ложное сходство, так как корни разные. Более точные параллели — в еврейской ономастике: Шехтер, Шифер, Шефер.

Дополнительная деталь, которая выделяет эту фамилию: в ней нет «сословного следа». Шецеры не были дворянами или духовенством — это фамилия мещан и ремесленников, что типично для массовых фамилий еврейского населения, возникших в конце XVIII — начале XIX века после указов об обязательной фамилизации.