Фамилия Шибайко — редкий пример того, как географическая привязка и словообразовательная модель помогают понять происхождение, даже если исходное слово стёрлось из языка. В основе фамилии лежит прозвище Шибай, которое, скорее всего, связано с глаголом «шибать» (бить, ударять, бросать). В русских говорах «шибай» — это либо бойкий, резкий человек, либо тот, кто «шибает» (например, работает отбойным молотком или занимается грубой силовой работой). Однако в фамилии Шибайко ключевую роль играет суффикс -ко.

Суффикс -ко в восточнославянских фамилиях (особенно украинских и белорусских) часто указывает на уменьшительно-ласкательную форму или на принадлежность: Шибайко буквально значит «маленький Шибай» или «сын Шибая». Такая модель типична для украинской ономастики, где фамилии на -ко (Ткаченко, Коваленко) образуются от прозвищ или имён. То есть Шибайко — это потомок человека по прозвищу Шибай.

Вторая, менее очевидная версия отталкивается от диалектного слова «шибко» (сильно, быстро). В этом случае Шибайко могло быть прозвищем для очень подвижного или резкого в движениях человека. Но здесь мы имеем дело с переосмыслением корня, а не с прямым заимствованием.

Интересно, что фамилия Шибайко почти не встречается в центральных великорусских областях — её ареал тяготеет к юго-западу: Черниговщина, Киевщина, Полтавщина. Это подтверждает украинскую природу суффикса. В то же время в русских говорах есть фамилия Шибаев, которая образована по другой модели (с суффиксом -ев) и распространена шире. Шибайко — более локальный, «камерный» вариант, сохранивший архаичную форму прозвища.

В итоге: носитель фамилии Шибайко, скорее всего, потомок человека из украинских или южнорусских земель, которого за характер или род занятий прозвали Шибаем. Фамилия не несёт сословной окраски — её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане.