Фамилия Шибкенова образовалась от прозвища Шибкен, которое восходит к татарскому слову шөбһе - «сомнение, недоверие». Согласно этому, прозвище Шибкен мог получить подозрительный человек. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шибкеновых можно лишь на основании генеалогических исследований.