Фамилия Шибковская — типичный пример того, как географическое прозвище превратилось в родовое имя. Её основа — топоним Шибково. Такое название носят несколько деревень в России, например, в Новосибирской и Курской областях. Житель одной из них получал прозвище «шибковский», то есть «выходец из Шибково». Со временем это указание на место рождения закрепилось за потомками как фамилия.

Суффикс -ск- указывает на принадлежность к чему-либо, в данном случае — к населённому пункту. Окончание -ая — типичное для женского рода в русских фамилиях на -ский. В мужском варианте фамилия звучала бы как Шибковский, но в современном употреблении форма Шибковская часто остаётся неизменной для женщин, а мужчины могут носить вариант Шибковский.

Корень «шибк-» восходит к глаголу «шибать» — бить, ударять, бросать. В старину «шибкий» означало «бойкий, резкий, сильный». Однако связь фамилии с этим значением маловероятна: скорее всего, название деревни Шибково произошло от прозвища или фамилии первопоселенца Шибок (Шибкий), а уже от названия села пошла фамилия Шибковская.

С точки зрения социального происхождения носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, выходцами из центральных и южных губерний России. В дворянских родословных эта фамилия не встречается. Редкость фамилии объясняется её локальным характером: она привязана к конкретным деревням и не получила широкого распространения.

Однокоренные фамилии — Шибков, Шибанов, Шибан — имеют ту же основу, но образованы по другим моделям (с суффиксами -ов, -ан). Шибковская стоит особняком, так как её появление связано не с личным прозвищем предка, а с названием места, где он жил.