Фамилия Шидаев — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности, закрепилось в родовом имени. Её основа — «шида», слово, которое в русских говорах, особенно в южных и центральных областях, означало худого, тощего человека. В словаре Даля «шида» — это «худая, тощая скотина», а в переносном смысле так могли назвать и человека болезненного вида или просто очень худого. Корень здесь, вероятно, тюркский (сравните с татарским «шида» — «жидкий, редкий»), что неудивительно для южнорусских фамилий, где смешались славянские и тюркские диалектные элементы.

Модель образования типична для русской ономастики: прозвище Шида плюс притяжательный суффикс «-ев». Суффикс «-ев», а не «-ов», указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на шипящий (в данном случае на «д»). Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Шиды». Такая форма закрепилась в XVI–XVII веках, когда большинство русских фамилий оформлялось именно этим способом. Встречается также вариант Шидаев, но он менее распространён и, скорее всего, возник из-за путаницы на письме или под влиянием других фамилий с «-аев».

Географически Шидаевы чаще всего встречаются в Поволжье и на Юге России — в Самарской, Саратовской, Волгоградской областях, а также среди казачества. Это объяснимо: именно в этих регионах бытовало слово «шида» и его производные. В северных и сибирских говорах такая лексика не фиксируется, что сужает ареал происхождения фамилии. Среди носителей много крестьян и мещан — сословной элиты в этой фамилии не было, что подтверждается отсутствием дворянских родов Шидаевых в родословных книгах.

Существует и другая версия, менее убедительная: связь с тюркским именем Шидай (от арабского «шахид» — «свидетель»). Но она натянута, так как в русских говорах слово «шида» имеет конкретное бытовое значение, а мусульманское имя Шидай в крестьянской среде не прижилось. Поэтому первая версия — от прозвища за внешность — и проще, и исторически точнее.