Фамилия Шиденко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, самой распространённой на территории современной Украины и юга России. Суффикс -енко в XVI–XVIII веках был типичным показателем отчества или прозвища, обозначающим «маленького», «сына» или «потомка» человека с соответствующей основой. Таким образом, Шиденко — это «сын Шиды» или «потомок Шиды».

Основа фамилии — прозвище Шида. Его происхождение, скорее всего, связано с древнерусским или украинским словом «шида», которое в диалектах означало «беда», «напасть», «несчастье» или «неудачник». В народной речи так могли назвать человека, которого преследовали неприятности, или, наоборот, того, кто сам приносил хлопоты. Встречается и другая версия: от глагола «шидить» (или «шидеть») — «медлить», «мешкать», «тянуть время». В этом случае прозвище Шида мог получить нерасторопный, медлительный человек.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «шид» — «острый», «колющий». Такое прозвище могло относиться к человеку с острым языком или колким характером. Однако для южнорусских и украинских земель, где фамилия Шиденко встречается чаще всего, первый вариант — от «шида» в значении «беда» или «медлительный» — выглядит более органичным и бытовым.

Фамилия Шиденко не относится к дворянским или княжеским; её носители — потомки крестьян, казаков или мещан, получивших фамилию по отцовскому прозвищу. Географически она тяготеет к Полтавской, Черниговской и Харьковской областям, а также к смежным регионам России, куда переселялись украинские крестьяне. Встречаются и варианты написания — Шидинко, Шиденок, но основная форма закрепилась как Шиденко.