Фамилия Шидукова — женская форма фамилии Шидуков, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или именем, бытовавшим на Кавказе. В основе лежит корень «шид», который в осетинском языке означает «медведь». В осетинской антропонимике слово «шид» нередко становилось личным именем или прозвищем, указывающим на силу, мощь, а иногда и на внешнее сходство с этим зверем. Таким образом, Шидуков — это потомок человека по прозвищу Шид.

Модель образования фамилии — суффикс -ов, самый распространённый в русской фамильной системе, но в данном случае он присоединён к осетинской основе. Это типичная картина для фамилий народов Северного Кавказа, которые в XIX–XX веках адаптировали свои родовые имена к русской административной модели. Фамилия Шидукова (и Шидуков) распространена прежде всего в Северной Осетии, а также среди осетинских диаспор.

Версия о происхождении от тюркского «шид» (святой) менее правдоподобна, так как для тюркских фамилий в этом регионе более характерны другие суффиксы и модели, а осетинская этимология подтверждается как географией фамилии, так и наличием однокоренных осетинских фамилий (например, Шидти). Фамилия не является ни дворянской, ни крестьянской в классическом русском понимании — это родовое имя, закрепившееся за семьёй, где предок был известен своей медвежьей статью или получил имя в честь тотемного зверя.