Фамилия Шиганакова чаще всего встречается у башкир и татар, а её основа восходит к тюркскому мужскому имени Шиганак. Это имя, в свою очередь, образовано от слова «шигай» (в разных диалектах — «щедрый», «благородный» или «крепкий») с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ак/-нак. Таким образом, имя Шиганак можно перевести как «маленький щедрый» или «крепыш» — ласковое прозвище, которое давали младшему сыну или любимому ребёнку.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для тюркских фамилий: к основе Шиганак добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском варианте -ова), который закрепился в документах после массовой русификации имён в XIX — начале XX века. Если бы фамилия сохранилась в исконной форме, она звучала бы как «Шиганак улы» (сын Шиганака) или «Шиганак кызы» (дочь Шиганака).

Географически фамилия привязана в основном к Челябинской области и Башкортостану. В архивных записях XIX века, например в метрических книгах Оренбургской губернии, встречаются крестьяне и тептяри (сословие, близкое к башкирам) с этой фамилией. Интересно, что написание могло колебаться: в старых документах попадаются варианты «Шиганаков» (мужской род) и «Шиганакова», причём мужская форма была основной, а женская закрепилась как самостоятельная фамилия только в советское время, когда женщины перестали менять окончание при замужестве.

В отличие от многих русских фамилий на -ов, здесь нет связи с ремеслом или профессией — только с личным именем предка. Это делает фамилию чисто родовой: носители Шиганаковой — потомки человека по прозвищу Шиганак, жившего, скорее всего, в южноуральских степях не позднее XVIII века.