Фамилия Шиганков образована от прозвища или нецерковного имени Шиганок. В её основе лежит слово «шиган», которое в русских говорах имело несколько значений. В словаре Владимира Даля «шиган» — это барышник, перекупщик, мелкий торговец, а также офеня (странствующий торговец по деревням). В некоторых регионах, особенно в южнорусских и поволжских говорах, так называли пронырливого, изворотливого человека, а иногда — босяка или беспутного гуляку. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище по роду занятий или по черте характера.

Суффикс -ок в основе (Шиганок) типичен для прозвищ и уменьшительных имён: он указывал на молодость или меньший статус человека по сравнению с другим Шиганом. Сама фамилия оформлена патронимическим суффиксом -ов, который означает «сын Шиганка» или «принадлежащий роду Шиганковых». Модель «прозвище + -ок + -ов» встречается нечасто, что делает фамилию Шиганков заметной среди более распространённых Шигановых или Шигаевых.

Версия о происхождении от тюркского имени Шиган (например, от татарского «шигъан» — «подарок») менее вероятна для русской фамилии: окончание -ков и суффикс -ок указывают на славянскую словообразовательную почву. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России — Тамбовской, Рязанской, Воронежской, где слово «шиган» было в ходу у местного населения. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде торговых людей и ремесленников.

В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания о крестьянах Шиганковых в Тамбовском уезде, но массово фамилия распространилась после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по прозвищам предков. Сегодня Шиганковы живут по всей России, но наибольшая концентрация сохраняется в Центральном Черноземье.