Фамилия Шикшеев звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её корни ведут не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Шикшей. Скорее всего, это сложное слово, где первая часть — «шик» (в ряде тюркских языков — «блеск», «нарядность», «изящество» или «осторожность», «подозрение»), а вторая — «шей» (от «шейх», то есть «старец», «глава рода», «духовный наставник»). Таким образом, Шикшей могло означать «почтенный старец» или «блистательный наставник», но точное значение утрачено, и это лишь реконструкция.

Фамилия образована по русской модели: к основе Шикшей добавили суффикс -ев. В русском языке фамилии на -ев обычно возникали от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й» (Шикшей → Шикшеев). Это типичный способ адаптации иноязычного имени: русские писцы или священники «обрусевали» прозвище, прибавляя к нему притяжательный суффикс, означавший «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то».

Фамилия Шикшеев — редкая. Её география бытования, скорее всего, связана с Поволжьем, Уралом или Западной Сибирью, где исторически тесно пересекались русские и тюркские народы (татары, башкиры, чуваши). Предок Шикшеевых мог быть крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского этноса, получившим фамилию по имени отца. Среди русских фамилий подобного происхождения — Шикшиев, Шикшаев, Шикшев — все они восходят к тому же корню и различаются лишь диалектным произношением или ошибками переписчиков. В документах XIX века такую фамилию могли записать на слух по-разному, поэтому варианты написания вполне вероятны.

Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известному роду у фамилии Шикшеев нет. Это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где личное имя отца служило главным опознавательным знаком семьи. Носители фамилии — потомки человека по имени или прозвищу Шикшей, который жил, скорее всего, в зоне русско-тюркского пограничья несколько столетий назад.